| 重磅新发

《中枢神经系统感染性疾病的脑脊液宏基因组学第二代测序应用专家共识》（以下简称《共识》）由中华医学会神经病学分会感染性疾病与脑脊液细胞学学组组织撰写，由西北大学医学院赵钢教授、首都医科大学附属北京同仁医院王佳伟教授、中国医学科学院北京协和医院关鸿志教授担任通信作者，于2021年12月13日在《中华神经科杂志》重磅发布。

这是全国首篇脑脊液mNGS应用相关专家共识。《共识》以指导临床应用为主，涵盖了脑脊液mNGS适应证和送检时机、标本的管理与检测、mNGS报告的临床解读等多方面的规范化意见。此《共识》的发布有助于推进脑脊液mNGS的合理应用。

| 共识要点

· 脑脊液 mNGS适应症

脑脊液mNGS主要适用于怀疑CNS感染性疾病患者的致病性病原体鉴定，包括病因未明的脑炎、脑膜炎（包括脑炎与脑膜炎叠加的脑膜脑炎）和脑脓肿等疾病的患者。

· 脑脊液 mNGS送检时机

1、建议首次脑脊液检查即送检mNGS

1）重症患者；

2）高度怀疑新发病原体、罕见病原体感染，而临床缺乏其他可及的检测方法；

3）病因不明的慢性CNS感染性疾病患者，例如病因未明的慢性脑膜炎患者；

4）免疫功能缺陷患者，例如原发性免疫缺陷、粒细胞缺乏、艾滋病、服用免疫抑制剂等。

2、其他送检时机

1）非重症患者在开展脑脊液传统微生物学检查后，仍不能明确病因时再送检脑脊液（预留标本）mNGS；

2）对于医院获得性急性脑炎和脑膜炎，若经过系统性检查仍未能明确病因，且患者接受经验性治疗后无显著好转，建议复查脑脊液并送检mNGS；

3）临床怀疑CNS感染患者的标本一般送检病原微生物DNA检测；若临床高度怀疑RNA病毒感染，例如不明原因的基底节脑炎，则需要加送病原微生物RNA检测。

推荐意见：对于病因不明、经验治疗效果不佳、重症、免疫缺陷（抑制）的脑炎、脑膜炎和脑脓肿患者，建议送检脑脊液mNGS。

· 标本管理

1）标本类型：本共识主要基于脑脊液标本，在脑脊液标本检测结果不能辅助诊断或者不能获得脑脊液标本，又高度怀疑CNS感染时，建议送检脑组织活检标本或者血液标本；

2）标本信息：送检标本应有送检申请表，包括受检者基本信息、采样时间、标本组织类型、采样单位和临床资料等。

3）知情同意：标本采集前应向患者或家属告知所检测项目的目的、优点和局限性等，并告知mNGS以外的其他可选检验项目，以获得知情同意，要注意保护患方的个人隐私。

4）标本采集：脑脊液标本采集可按照常规操作方法，应使用严格的无菌技术，要尽量避免血液的混入。建议送检第2管或者第2管之后的标本，送检量 2~5 ml；

5）标本保存和运输：标本用无菌、无污染的保存管保存，采用冷链运输（＜4 h，可在2~8 ℃保存和运输，4 h至1周，在-20 ℃以下保存，干冰运输；长于1周建议低于-70 ℃保存）。标本应避免反复冻融、避免剧烈震动。运送过程应符合生物安全规范的要求。

推荐意见：用于脑脊液mNGS的脑脊液标本需要无菌获取，冷链运输，避免污染。

· 检测与报告

脑脊液mNGS检测过程包括标本处理、核酸提取、文库制备、上机测序、数据处理、序列比对、人源序列去除、微生物注释和报告。报告中要列出患者信息、标本信息、检测方法、检测范围、结果、检测机构与报告人信息等内容，报告应该列出微生物的特异性序列数、报告的微生物应该是符合阳性判断标准（即高于报告阈值）的微生物。

· 报告的临床解读

临床需要综合流行病学史、临床表现、影像学、脑脊液学与血清学等检查结果，对脑脊液mNGS检测报告进行解读，尽量充分利用传统的微生物鉴定方法验证mNGS结果。

1、阳性结果的解读

1）报告微生物具有神经侵袭性且与临床经验诊断相一致，可初步确定为责任病原体；

2）报告微生物和传统微生物检查结果一致，表明该微生物是责任病原体的可能性很大；

3）检出非人体定植菌且环境中不常见的微生物，有可能是责任病原体；

4）对于核酸提取难度较大、检出的特异性序列数可能较少的微生物，阳性即应考虑致病可能，如，结核分枝杆菌的特异性序列数可低至1个，隐球菌可低至1~2个；

5）部分DNA病毒可在CNS潜伏，阳性结果需要综合临床病情来判断其是潜伏感染、病毒携带状态还是活动性感染；

6）mNGS检测出阳性微生物但传统检查结果阴性时，需要根据检出微生物致病特性，结合临床综合评估其致病可能；

7）应注意排除污染和背景菌，但在人体免疫功能受损时，某些定植微生物也可能是致病菌；

8）若同一患者的同类标本多次送检，在检测条件一致的情况下，同一种微生物序列数的变化可以辅助判断疗效；

9）对于免疫功能缺陷的患者，易发生CNS机会性感染且临床表现不典型，要高度重视报告微生物的致病可能。

2、阴性结果的解读

1）脑脊液mNGS阴性结果不能完全排除CNS感染性疾病，首先应排除因标本采集、运输和保存不当而造成的假阴性，如果临床仍怀疑CNS感染性疾病，可复查传统病原学检测；

2）脑脊液微生物DNA检测结果为阴性时需要考虑RNA病毒感染的可能，建议送检脑脊液微生物RNA检测，并送检RNA病毒相关的抗体检测和PCR检测；

3）脑脊液mNGS结果为阴性时，临床应关注非感染性病因的可能性，包括自身免疫性脑炎、 肿瘤、CNS 血管性疾病等，进一步完成相关检查与鉴别诊断；

4）若患者近期内曾有mNGS检测阳性结果，在综合临床病情的基础上，同种标本相同病原体的复检阴性结果可能提示临床治疗有效。

3、脑脊液mNGS检测后的临床应对措施

1）对于确定的责任病原体，则展开针对性的目标治疗；

2）临床怀疑mNGS为假阳性结果时，选用一代测序、血清学检测、培养等传统检测技术进一步验证；对于检出的罕见微生物，需查阅文献，综合判断证实其致病性；

3）对于mNGS首次在人体标本中检测到的动物源性微生物，要高度重视其作为人类新发CNS感染性疾病病原体的可能，综合临床流行病学调查、临床表现、病原学验证等结果来判断；

4）如果mNGS检测结果阴性，但检测之前的经验性抗感染治疗有效，则不能因为mNGS阴性结果而终止有效的经验性抗感染治疗；

5）对于mNGS检测结果和临床表现不符合的患者，需要评估患者的免疫功能是否受损，送检外周血淋巴细胞亚群和免疫球蛋白等，协助判断是否是致病微生物。

推荐意见：脑脊液mNGS检测到具有神经侵袭性病原体，如果与患者临床表现高度符合则可以被认为是确定的责任病原；脑脊液mNGS结果阴性时，临床应关注非感染性病因的可能性，完善相关检查与鉴别诊断。

| 总结

脑脊液mNGS已经成为CNS感染病原学鉴定的重要实用技术。希望本共识能够帮助临床医生更合理、更规范地应用脑脊液mNGS并解读检测结果，提升mNGS在CNS感染中应用的精准性。针对不同的患者和标本特点采用不同的检测流程并标准化，根据不同医院的微生物分布特点实施不同的分析策略，可能是未来CNS感染精准病原学检测的方向。

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《中枢神经系统感染性疾病的脑脊液宏基因组学第二代测序应用专家共识》

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